Les Mycobactéries dites non tuberculeuses (MNT) ou atypiques sont reconnues comme pathogènes émergents.
Certaines espèces sont responsables d’infections respiratoires ou d’infections iatrogènes, en particulier chez les personnes immunodéprimées. Elles sont résistantes dans les eaux et leur recherche, non standardisée, est complexe en raison de leur culture difficile et lente.
Si le développement de techniques moléculaires a permis de court-circuiter cette étape de culture, ces méthodes ne répondent pas à tous les problèmes de quantification. Les plus connues pour leur pouvoir pathogène opportuniste sont M. avium, M. chelonae, M. kansasii, M. xenopi, etc.
Pour le moment il n’y a pas de valeur limite pour leur présence dans les eaux et leur analyse se fait seulement sur le plan qualitatif avec des milieux spéciaux et de longs temps d’incubation.
Leur transmission se fait par inhalation d’aérosols, ou par inoculation directe dans la peau, les tissus sous-cutanés et le système ostéo-articulaire en cas de contamination du matériel utilisé (endoscopes, aiguilles de mésothérapie …).
Les mycobactérioses sont des maladies graves chez les sujets présentant un déficit profond de l’immunité cellulaire ou la mucoviscidose. Cette gravité s’explique par la multirésistance de ces bactéries aux antibiotiques. Les formes cliniques les plus fréquentes sont des infections pulmonaires, ganglionnaires, cutanées, ostéo-articulaires et des atteintes disséminées.